1.については、フリーのLinuxディストリビューション(CentOSやFedora Coreなど)を用いている場合は、注意が必要である。たとえばCentOSは、ソースコード自体はRed Hat Linux Enterprise Linuxと同じものを用いており、そのためRed Hat Linux Enterprise Linuxの「クローンOS」と呼ばれているが、基本的には違うディストリビューションであり、Red Hat Linux Enterprise Linux向け製品がそのまま使えるとは限らない。
また、Linux OS自身のセキュリティ設定を併用することも非常に有効である。Red Hat Linux Enterprise Linuxには「SE Linux」、NovellのSuSE Linux Enterprise Serverには「AppArmor」とよばれる、いわゆる「セキュアOS」にするための機能がある。